Spécialiste oncologie du volet nanopore

Job Description

Le Centre de recherche Azrieli du CHU Sainte-Justine est à un stade de maturité qui lui a permis grâce à la recherche dexcellence qui sy réalise à travers la programmation scientifique de haut niveau dans ses créneaux mère-enfant de recevoir au cours de la dernière année des dons majeurs qui seront transformationnels et ouvriront dinnombrables perspectives pour la recherche en santé des enfants. Le Centre de recherche Azrieli du CHU Sainte-Justine réunit une équipe de plus de 1200 personnes soit plus de 295 chercheuses et chercheurs dont plus de 160 en recherche clinique et plus de 580 étudiantes et étudiants aux cycles supérieurs et stagiaires de recherche postdoctorale œuvrant dans des domaines dexpertise multiples. Travaillant étroitement avec les équipes de soins du CHU Sainte-Justine cette communauté se dévoue à la recherche fondamentale clinique et translationnelle au sein de six axes de recherche.

Projet

La Méta-plateforme de Génomique Intégrée (MPGI) est une plateforme scientifique de recherche de la Direction de la recherche du CHU Sainte-Justine (CHUSJ) en pleine expansion. La plateforme dessert principalement les besoins des chercheurs en hémato-oncologie pédiatrique mais aussi dautres domaines et institutions pour répondre à leurs besoins en matière de technologies innovantes et danalyses avancées.

Cette plateforme est à la recherche dun biologiste computationnel hautement qualifié en bio-informatique dont le mandat principal sera dépauler les chercheurs dans leurs analyses de séquençage de génomes et de transcriptomes de troisième génération en temps réel notamment mais non exclusivement à partir des protocoles de type nanopores (e.g. Oxford Nanopore Technologies). Ces travaux visent à accélérer les diagnostics précis des cancers de lenfant tout en les rendant plus complets et rentables que les modalités actuelles utilisées en clinique. Le candidat devra être apte à gérer le flux de données produites par la MPGI exécuter les flux de travail permettant le traitement de ces données en temps réel (durant le séquençage) et mener à terme différents types danalyses en lien avec les approches les plus courantes en (épi)génomique / (épi) plus le candidat recruté devra être capable de sadapter rapidement aux nouvelles technologies introduites par les équipes de recherches et pouvoir réaliser lanalyse dexpériences pilotes issues de technologies émergentes. Il devra par ailleurs contribuer à démocratiser les nouveaux outils et méthodes danalyses et travailler en équipe notamment dans le développement doutils danalyses et de flux de travail. Il devra aussi avoir dexcellentes qualités de communications puisquen concertation avec son équipe le titulaire sera amené à assister les chercheurs et le personnel de recherche pour des questions concernant un projet de recherche en lien avec le séquençage de type Nanopore.

En outre il est attendu que le titulaire participe à la vie scientifique du Centre de recherche et soit proactif dans la mise à jour de ses compétences en lien avec le poste.

Tes défis

Sous lautorité hiérarchique de la Cheffe des plateformes scientifiques et la supervision immédiate de la Responsable de plateforme en collaboration étroite avec le directeur scientifique de la plateforme le candidat aura de façon progressive et selon les projets priorisés différentes responsabilités :

• Mener à terme des analyses matures à partir du traitement des données brutes de séquençage et optimiser le flux de traitement de données incluant documenter et communiquer le processus danalyse en temps réel les résultats les outils et les techniques utilisées. Ceci inclut limplémentation et lopérationnalisation de classificateurs qui supportent le diagnostic ultra-rapide des cancers de lenfant basé sur le transcriptome et sur le méthylome;
• Conseiller les équipes de recherche à générer des données de type séquençage nanopore sur le design expérimental (consultation) en concertation avec son équipe;
• Se familiariser avec les algorithmes et méthodes développées dans le volet cellules uniques single cell et participer aux projets lorsque requis;
• Implanter les algorithmes les plus récents publiés en lien avec les technologies Nanopore et cellules uniques.
• Assurer la liaison avec les fournisseurs de service et dautres entités pertinentes pour la maintenance de la plateforme;
• Participer à la conception dexpériences (design expérimental) lanalyse de données et la résolution de problèmes techniques complexes;
• Communiquer au client de manière efficace et en temps réel les résultats danalyses ou de contrôle de la qualité;
• Travailler en équipe à structurer les processus de la plateforme (e.g. protocoles opérationnels standard;
• Effectuer la maintenance nécessaire des dispositifs de séquençage des nanopores les mises à jour logicielles et résoudre tout problème matériel;
• Organiser et hiérarchiser les données sur les serveurs (e.g. internes Calcul Québec ou Calcul Canada) en collaboration avec léquipe;
• Participer à la mise en place dun système de gestion de linformation (SIL ou LIMS acronyme en anglais);
• Interagir couramment avec les membres des différentes équipes de recherche afin délaborer des stratégies danalyses appropriées;
• Participer aux rencontres déquipe lorsque requis;
• Toute autre tâche connexe.

Tes acquis

• Maîtrise en bio-informatique en informatique ou dans un domaine équivalent. Toute autre expérience pertinente en lien avec le poste sera considérée (ex. baccalauréat et plus de cinq années dexpérience).

• Diplôme de troisième cycle ou postdoctoral un atout;

• Expérience démontrée en génomique ou transcriptomique de troisième génération (par Oxford Nanopore ou PacBio).
• Bonne compréhension de la biologie des cancers et de la biologie moléculaire;
• Connaissances des systèmes de flux de travail (e.g. NextFlow SnakeMake ou autre);
• Expérience démontrée avec systèmes Unix/Linux et Git et avec des outils dintelligence artificielle;
• Expérience avec les logiciels de gestion de projets de documentation du code et des activités relatives à la conservation des données et les outils de conteneurisation (Docker Kubernetes ou autre);
• Bonne compétence en Data management ;
• Proactif et capable de travailler de façon indépendante;
• Excellente rapidité dexécution sens de lorganisation et gestion du temps;
• Solides compétences interpersonnelles et esprit déquipe;
• Grande aptitude dadaptation et aisance à implanter ou utiliser de nouveaux algorithmes;
• Capacité à travailler efficacement fortes aptitudes en gestion du stress;
• Maîtrise du français et de langlais parlé et écrit en milieu de travail.

Tes talents

• Faire preuve dinitiative de débrouillardise et dautonomie;
• Bonnes habiletés interpersonnelles excellente communication et excellent service à la clientèle;
• Capacité à travailler sous pression et à gérer efficacement les priorités;
• Faire preuve de jugement et de discernement.
• Maîtrise du français et de langlais

Notre offre (conditions demploi)

Il sagit dun poste à temps complet (35 hrs/sem) non syndiqué (période de probation dun an). La rémunération varie entre 55 282$ et 97 962$ selon léchelle en vigueur au CHU Sainte-Justine en fonction de lexpérience pertinente reconnue. Les autres conditions sont établies en fonction des normes en vigueur dans létablissement.

Nous tenons à préciser que les candidats étrangers devront avoir un permis de travail valide pour le CHU Sainte-Justine. Tout permis de travail ayant la condition suivante ne sera pas éligible : Pas autorisé à exercer un emploi relié aux soins des enfants à lenseignement au primaire ou au secondaire au domaine de la santé .

Si ce poste vous intéresse veuillez utiliser notre site de recrutement pour postuler en ligne et soumettre votre CV.

Fin de laffichage: 14 novembre 2025

Autres avantages

1. Une conciliation travail et vie personnelle :

• Plan de vacances avantageux
• 20 jours de vacances par année pour le personnel
• 13 jours fériés
• 96 jours de maladie par année
• Congé de maternité de paternité et dadoption

2. Des avantages collectifs concurrentiels :

• Régime de retraite à prestations déterminées (RREGOP)
• Assurances collectives pour vous et votre famille
• Programme daide aux employés et à leur famille

3. Des établissements facilement accessibles

• Station de métro Université-de-Montréal lignes dautobus et grands axes routiers à proximité
• Abri à vélos sécurisé et stations BIXI à proximité
• Située dans le quartier Côte-des-Neiges

4. Des services sur place pour vous simplifier la vie:

• Centre de la petite enfance Sainte-Justine
• Nettoyeur et service de couture
• Activités sportives
• Service alimentaire qui encourage lagriculture biologique et locale
• Livraison de paniers de légumes biologiques

Remarques

Le genre masculin est utilisé sans discrimination et dans le seul but dalléger le texte. Le CHU Sainte-Justine souscrit au principe daccès à légalité en emploi et invite les femmes les membres des minorités visibles et des minorités ethniques les personnes handicapées et les Autochtones à poser leur candidature. Nous vous serions gré de nous faire part de tout handicap qui nécessiterait un aménagement technique et physique adapté à votre situation lors du processus de sélection. Soyez assuré que nous traiterons cette information avec confidentialité.