Bioinformático Senior para Genómica (fm)

Buscamos incorporar al área de Medicina de Precisión un/a Bioinformático/a Senior con sólida experiencia en análisis de datos ómicos (especialmente genómica) y desarrollo de flujos de análisis reproducibles en Nextflow. Será responsable del diseño desarrollo optimización validación y operación de pipelines bioinformáticos (WGS/WES paneles RNA-seq etc.) garantizando calidad trazabilidad reproducibilidad seguridad y escalabilidad.

Como Bioinformático/a Senior será responsable de:
Responsabilidades clave:

• Diseñar e implementar pipelines de análisis NGS end-to-end (QC alineamiento calling anotación priorización reporting) para datos como FASTQ BAM/CRAM VCF/gVCF y resultados derivados.
• Desarrollar y mantener flujos de trabajo en Nextflow (DSL2) aplicando buenas prácticas (modularidad perfiles parámetros pruebas reusabilidad) y alineación con estándares tipo nf-core cuando aplique.
• Integrar herramientas y frameworks bioinformáticos (p. ej. BWA/DRAGEN según contexto GATK samtools/bcftools VEP/ANNOVAR FastQC/MultiQC etc.) y asegurar su correcta parametrización y versionado.
• Containerizar pipelines (Docker/Singularity/Apptainer) y asegurar reproducibilidad a través de gestión de dependencias y versionado.
• Desplegar/ejecutar pipelines en entornos HPC y/o cloud y optimizar rendimiento (paralelización uso de recursos caching datos intermedios costes).
• Definir y ejecutar estrategias de validación/verificación del pipeline (controles gold standards métricas de sensibilidad/especificidad cuando proceda) y preparar evidencias para auditorías.
• Implementar mecanismos de trazabilidad monitorización y alertas (logs métricas reporting de ejecución control de calidad automatizado).
• Colaborar con equipos de datos e infraestructura para operación en entornos Kubernetes/OpenShift/EKS y automatización mediante CI/CD.
• Documentar flujos de análisis supuestos entradas/salidas criterios de QC limitaciones y versionado facilitando transferencia de conocimiento al equipo y a usuarios clínicos/laboratorio.

Qualifications :

Requisitos imprescindibles:

• Máster en Bioinformática (o equivalente) y base sólida en genómica/biología molecular aplicada a NGS.
• 5 años de experiencia en bioinformática (perfil Senior) desarrollando y operando pipelines de análisis en entornos de producción o regulados.
• Experiencia demostrable en desarrollo de flujos de análisis con Nextflow (idealmente DSL2) incluyendo mantenimiento parametrización y despliegue.
• Sólidos conocimientos en Linux y scripting (Bash) y programación en Python (R valorable).
• Dominio de formatos y estándares de datos genómicos: FASTQ BAM/CRAM VCF/gVCF BED GTF/GFF y métricas de QC (cobertura duplicados sesgos contaminación etc.).
• Experiencia con control de versiones (Git) y buenas prácticas de ingeniería (code review testing documentación).
• Experiencia con contenedores (Docker y/o Singularity/Apptainer) y ejecución en HPC (SLURM u otros) y/o cloud.
• Conocimiento de prácticas de calidad trazabilidad seguridad y cumplimiento en entornos de salud (p. ej. GDPR) incluyendo manejo de datos sensibles.

Deseable:

• Experiencia en genómica clínica (diagnóstico interpretación de variantes CNV/SV farmacogenómica cáncer somático/germinal).
• Experiencia con nf-core (uso adaptación o contribución) y/o estandarización de pipelines.
• Conocimientos de CI/CD (GitLab CI/CD Jenkins) aplicados a pipelines bioinformáticos (tests linting releases versionado semántico).
• Experiencia con workflow execution backends y optimización (AWS Batch Kubernetes executor Cromwell/Toil u otros si aplica).
• Familiaridad con herramientas/estrategias de anotación e interpretación (VEP ANNOVAR ClinVar gnomAD HGMD* si procede por licencia paneles ACMG).
• Conocimientos de Infraestructura como Código (IaC) y despliegue (Terraform Helm) en coordinación con equipos de plataforma.

Se valorarán conocimientos en las siguientes áreas

• Conocimiento del dominio de datos ómicos incluyendo genómica transcriptómica y pipelines multi-ómica.
• Integración entre plataformas de datos genómicos y LIS/HIS y flujos de laboratorio (molecular/NGS).
• Experiencia con LIMS trazabilidad de muestras y metadatos y buenas prácticas de laboratorio computacional.
• Modelos/estándares para investigación clínica o repositorios: i2b2 OMOP CDISC ODM (según proyecto).
• Conocimientos de interoperabilidad y reporting en entornos clínicos (HL7/FHIR valorable si el rol lo requiere).
• Experiencia en gobernanza del dato anonimización/pseudonimización y estrategias de acceso seguro a datos.

Habilidades personales

• Capacidad de trabajo en equipo y buena comunicación con perfiles mixtos (laboratorio clínica IT datos).
• Capacidad de organización priorización y autonomía en entornos con múltiples stakeholders.
• Proactividad e iniciativa en la toma de decisiones técnicas (trade-offs riesgos calidad vs. tiempos).
• Interés por la mejora continua: estandarización automatización observabilidad y excelencia operativa.

Información adicional :

Qué es lo que le ofrecemos

• Ambiente de trabajo internacional positivo dinámico y motivado. 
• Modelo de trabajo híbrido (teletrabajo/presencial). 
• Horario flexible. 
• Formación continua: Preparación certificaciones acceso a Coursera clases semanales de inglés y alemán... 
• Plan de compensación flexible: seguro médico tickets restaurante guardería ayudas al transporte... 
• Seguro de vida y accidentes. 
• Más de 26 días laborables de vacaciones al año. 
• Fondo social. 
• Servicio gratuito en especialistas (médicos fisioterapeutas nutricionistas psicólogos abogados...) 
• 100% del salario en caso de baja médica.

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Remote Work :

No

Employment Type :

Full-time