Interne pour alignement de terminologies HF

En 2021 lAgence europenne du mdicament (EMA) a lanc un appel manifestation dintrt (AMI) pour constituer une base de donnes multicentriques documentes avec une identification prcise des mdicaments consomms par les patients de la cohorte. Le Health Data Hub a rpondu cet AMI en collaboration avec quatre tablissements de sant : les Hospices Civils de Lyon (HCL) le Centre Lon Brard (CLB) le Centre Hospitalier Rgional Universitaire (CHRU) de Nancy le groupe hospitalier Paris SaintJoseph et deux partenaires scientifiques : luniversit de Bordeaux (ISPED/BPE) et lAgence du Numrique en Sant (ANS).

Ces tablissements de sant produisent des donnes de structure et de nature diffrentes cest pourquoi il est essentiel de les standardiser pour pouvoir les analyser conjointement par la suite. Pour ce faire le standard OMOPCDM (Observational medical outcomes partnership Common Data Model) sera utilis lors de cette tude. Il sagit dun modle relationnel de bases de donnes de sant maintenu par le consortium OHDSI (Observational Health Data Sciences and Informatics) qui a pour objectif de rendre interoprables diffrentes bases danalyse en sant quelles soient cliniques ou mdicoadministratives.

Cette interoprabilit se traduit concrtement par la possibilit de partage de donnes doutils de mthodes dtudes et de programmes entre les centres disposant dune base au format OMOPCDM.

Ce modle de donnes contient une trentaine de tables centres autour dune table patient permettant de reconstruire facilement les parcours patients. Il recommande de plus lemploi de nomenclatures standardises pour dcrire les diagnostics les actes mdicaux les mdicaments les examens paracliniques etc. ce qui permet de rendre les bases de donnes interoprables aussi bien au niveau syntaxique que smantique.

Figure : Schma relationnel du modle OMOPCDM v5.3

La standardisation dune base de donnes au format OMOPCDM comporte quatre tapes :

1. tablir des rgles de correspondance entre les donnes sources et les tables et variables du modle OMOPCDM

2. Aligner les terminologies utilises dans les donnes sources vers des terminologies reconnues comme standards par le modle OMOPCDM

3. crire les scripts transformant les donnes sources selon les rgles tablies prcdemment

4. Vrifier la qualit de la standardisation
   

DESCRIPTIF DE LA MISSION

Dans la standardisation des donnes des hpitaux vers le format OMOPCDM vous interviendrez ltape 2 dalignement des terminologies sources vers des terminologies standards.

Les nomenclatures utilises par les hpitaux pour dcrire leurs donnes cliniques et mdicoadministratives sont soit internes aux tablissements soit utilises uniquement dans le systme de sant franais (ex : CCAM). Elles doivent alors tre mappes vers des nomenclatures standards dOMOPCDM telles que SNOMEDCT (diagnostics procdures mdicales produits pharmaceutiques dispositifs mdicaux etc. ou RxNorm (mdicaments).

Cela signifie que pour chaque code source il faut trouver un code standard qui ait un sens quivalent en comparant les libells des codes concerns.

Par exemple le code de procdure CCAM NBQK001 Radiographie de la cuisse peut tre mapp vers le code SNOMED Radiography of thigh.

Ainsi pour les codes des nomenclatures utiliss par les hpitaux participants au projet vous devrez trouver une ou plusieurs correspondances dans une nomenclature standard.

Pour vous aider vous utiliserez loutil USAGI dvelopp par OHDSI qui suggre une liste de codes standards correspondant un code source en se basant sur la ressemblance smantique des libells des codes. Ces propositions restent cependant une aide et induisent parfois en erreur cest pourquoi il est aussi possible de chercher un code manuellement grce un moteur de recherche avec mots cls.

Vous serez aussi invits revoir le travail dalignement ralis par vos collgues pour assurer la qualit du rsultat final.

Concrtement ce travail sarticule en 3 parties :

1. Traduction des libells des codes sources en anglais. Les nomenclatures sources sont franaises il est ncessaire de traduire les libells des codes vers langlais

2. Mapping des codes sources vers des codes standards avec laide de loutil USAGI (un guide sera fourni)

3. Relecture de ces alignements par une deuxime personne

Pour cette mission les terminologies que vous devrez aligner dcrivent des mdicaments et/ou des tests de biologie et/ou des procdures mdicales.